
لاک پشت های نینجا جهش یافته نوجوان (مارک کاسو، میکلن سیستی، لیف تیلدن، کن تروم) دوباره با دشمن اصلی خود، نینجا خردکن سرکش (فرانسوا چاو) مبارزه می کنند. شردر با بدست آوردن همان تراوش رادیواکتیو که لاک پشت ها را به وجود آورد و دو جهش هیولا جدید را آزاد می کند، تلاش می کند تا انتقام بگیرد: توکا، یک لاک پشت بزرگ، و رهزار، یک موجود ترسناک گرگ مانند. هنگامی که شردر قصد دارد از تراوش باقیمانده روی خود استفاده کند، لاک پشت ها باید مهارت های مبارزه نینجا خود را به کار گیرند تا او را متوقف کنند.